Po dobytí Tábora Jiřím z Poděbrad dosadila pražská konsistoř 2.12.1452 jako prvního řádného faráře Jana Rozvodu ze Stakor. Z jeho nástupců si zaslouží zmínku Jan Šota, za něhož byl vybudován r. 1512 nynější kostel. Poslední z kněží pod obojí byl Daniel Hubel, který se vystěhoval z Tábora až r. 1622. Po bitvě na Bílé hoře připadlo právo dosazovat kněze do Tábora na císaře. Císař vykonával toto právo prostřednictvím pražského arcibiskupa. Rekatolizaci v Táboře prováděl Fridrich Libštejnský a jesuité Vojtěch Chanovský, Rauschar, a Bouda. Šla celkem hladce, protože protestantství zde dosud nezakořenilo a utrakvismus se od katolicismu podstatně nelišil. Za prvého sídelního kněze byl ustanoven v lednu 1622 volenický farář ONDŘEJ GERMANUS, který zde však vůbec nenastoupil, protože v únoru téhož roku byl zdejším farářem jmenován ONDŘEJ KLEMENT KOKR, farář ze Strakonic. Kokr obnovil bohoslužby na Klokotech, pro které dal r. 1622 malířem Burgrem restaurovat starý mariánský obraz. O velikonocích r. 1623 byli téměř všichni táborští měšťané katolíci. Po Kokrovi nastoupil 27. prosince 1627 VAVŘINEC RUDNER Z RUDENBACHU, který zde 9. června 1629 dokončil rekatolizaci a žádal proto o přeložení. Od 17.5.1629 řídil duchovní správu administrátor ŠIMON PIKÁSEK. 17. května 1630 nastoupil ŠEBESTIÁN HEŘMAN ZE SONNENBERKU. Dne 7. září 1633 nastoupil jako administrátor TOMÁŠ BOHATKO Z REICHENBRUNNU, který administroval i Planou. Po jeho smrti v dubnu 1640 nastoupil křížovník JERONÝM HANZELIUS. Za jeho působení řádil v Táboře mor. Po něm byl arcibiskupem ustanoven ANSEM KRAMSI (Crasmi), zasloužilý premonstrát, který mnoho vytrpěl od Švédů. Městská rada však žádala na základě práva daného jí privilegiem Zikmundovým, aby byl ustanoven Jeroným Krucier a Kramsimu bránila po několik neděl vykonávat bohoslužby a nedovolila mu ani vstup na děkanství. Pak si na něj stěžovala u císaře, že se násilně vloupal na děkanství a že chce založit kněžský seminář. Císař však schválil jmenování Kramsiho a tak se do Tábora dostávají za duchovní správce premonstráti ze Strahova. V době jednání vedl duchovní správu Pavel Litivý. Roku 1645 v říjnu vyhořela budova děkanství a zůstala dlouho zříceninou. Kramsi zemřel r. 1652 a je pochován v Táboře. Téhož roku nastoupil DOMINIK URTIKA, který měl s městem mnoho sporů pro deputát a hrubé mravy občanů. Roku 1653 nabízely Budějovice Táboru, aby zde bylo ustanoveno nově zřizované biskupství. Tábor však pro nedostatek financí nabídku odmítl.
Roku 1661 se začalo s přestavbou vyhořelého děkanství. Postupovalo se podle návrhu stavitele Antonia de Alfieri, jenž v Táboře budoval též klášter pro otce augustiniány, kteří sem přišli r. 1640. Urtika se též zasloužil o Klokoty. Byl velkým ctitelem P. Marie. Zavedl veřejné uctívání P. Marie Klokotské Po Urtikovi následovali další premonstráti: FRANTIŠEK VOCATIUS, FELIX CORNELI, MARTIN ZELENKA a jako poslední HROZNATA ŽELIVSKÝ, který zemřel r. 1672 a leží v děkanské hrobce. Ještě za jeho života podnikla městská rada kroky, aby vymanila děkanství z moci strahovských premonstrátů. Po smrti Hroznatově byl ustanoven 15.7.1677 administrátorem JAN VÁCLAV GRUBIUS. Pocházel pravděpodobně z Polska, jako mnoho jiných kněží, kteří měli v Čechách vypomáhat pro nedostatek domácích duchovních. Jako někteří z nich, tak ani on se neosvědčil a táborští žádali 14. března 1680 o nového děkana. Stal se jím děkan ze Soběslavi BARTOLOMĚJ ZELENKA. Nastoupil zde 16. října 1680. Za něj bylo dostavěno děkanství a mělo být zřízeno jakési gymnázium. Město však jeho plány nepodporovalo a Zelenka se tedy 19. dubna 1682 odstěhoval. Táborští mu později marně psali do Brandýsa, aby se vrátil zpět. Po něm nastoupil 27.4.1682 jistebnický kněz JAKUB XAVER ČERNOHORSKÝ, který zemřel 18. května 1689.
Po něm působil od 25. června 1689 přes 31 let JIŘÍ JOSEF WINKLER. Podle osvědčení městské rady byl velmi činný a lidumilný. Za něj byl v r. 1700 přestavován klokotský kostel do nynější podoby a začaly velké klokotské pouti. Zemřel náhle 13.12.1719 stár 65 let, když při rorátech zpíval Gloria. Dne 25.7.1720 zřídil císař Karel VI. v Táboře děkanství a městu bylo vráceno patronátní právo doporučit u císařského dvora tři žadatele. Císař pak prostřednictvím arcibiskupské konsistoře ustanovil jednoho z nich za děkana. Na základě tohoto práva byl 25. července 1720 za prvého děkana po Winklerovi jmenován a v listopadu slavně instalován FRANTIŠEK JAHODA, farář z Lomnice, jemuž se podařilo vyjasnit hospodářské nesrovnalosti s patronem a farníky. Zemřel r. 1726 a je pochován v děkanském chrámu na pravé straně proti sakristii a na náhrobním kameni má tři jahody. Od 1. května 1727 byl po 12 let děkanem KAREL FERDINAND NOVÁK, který se také zasloužil o klokotský kostel. Po jeho smrti r. 1739 nastoupil 1. května 1740 táborský rodák a zdejší kaplan PAVEL KLÁŠTERSKÝ Z ROSENGARTENU. Děkanem byl téměř 20 let. Klášterský postavil na Klokotech kaplanskou residenci a r. 1746 zbudoval v klokotském kostele hrobku, v níž byl jako první pohřben. Císařovna Marie Terezie mu věnovala jako uznání jeho práce zlatý řetěz se 62 dukáty, který on daroval obrazu P. Marie Klokotské. R. 1744, když byl Tábor obléhán Prusy uschoval Klášterský veškeré klenoty i obraz P. Marie Klokotské ve sklepení děkanství a po odchodu Prusů byl obraz s velkou slávou přenesen zpět na Klokoty. Zemřel 28. ledna 1760. Od 5. prosince 1760 byl děkanem další táborský rodák a bratranec Klášterského PAVEL PRATSCHAFT. Instalován byl 25. ledna 1761. Byl také velkým příznivcem Klokot. Zemřel 25. března 1783 ve věku 75 let. Jeho nástupcem byl od 3.8.1783 zasloužilý vojenský kněz JAN VINCENC SCHULDES. Schuldes založil farní kroniku, k níž mu byla základem kronika děkana Klášterského a zapsal do ní texty všech fundací a povinností. Za něj bylo v Budějovicích zřízeno biskupství a Tábor k němu připadl. Za jeho působení zrušil císař Josef II. zdejší augustiniánský klášter. Schuldes zemřel 16. září 1790 v Praze, Jeho nástupcem byl táborský rodák TOMÁŠ JAN ČEKAL. Děkanství nalezl v témž stavu jako jeho předchůdce. Schuldesem uspořádaný archiv odvezl k sobě vikář do Chotovin. Děkan Tomáš Čekal znovu uspořádal archiv a jeho nástupce napsal, že archiv a matriky nalezl ve vzorném pořádku. Tomáš Jan Čekal zemřel 5.6.1813 a má náhrobní kámen zazděn v kobce kostela hřbitovního. Po něm krátce působil od 22. října 1813 do 10. dubna 1817 AUGUSTIN POSTL.
Dalším děkanem byl ANTONÍN WEENMANN Z WEINFRIEDU. Za něj byla zřízena dvě kaplanská místa. Po jeho smrti 27. července 1830 bylo děkanství na dvě léta uprázdněno pro neshody mezi městem a konsistoří. Teprve v r. 1832 byl jmenován JOSEF MATULKA, jenž nastoupil 1. září. Jeho péčí byla r. 1836 v děkanském kostele položena kamenná dlažba. Zemřel 9. září 1844. Po něm spravoval děkanství administrátor Filip Třebický a to až do 3. ledna 1846, kdy nastoupil jako další děkan zdejší katecheta VOJTĚCH PÖSCHL (nar. 7. dubna 1799). Dne 1. června 1851 posvětil křížovou cestu u Klokot a jeho přičiněním byly v Táboře r. 1853 prvé misie, jichž se zúčastnil i biskup Jan Valerián Jirsík. Pořídil též obraz bolestné P. Marie do děkanského kostela. Poschl zemřel 3.1.1861 raněn mrtvicí u oltáře. Byl to vrstevník kněze a básníka Jos. Vlastimila Kamarýta, který působil v Táboře a na Klokotech a s ním také v hrobě odpočívá. Po něm administroval děkanství Antonín Mansfeld a 2. července 1861 byl ustanoven za děkana dražický vikář VOJTĚCH ŠAŠEK, který r. 1866 uváděl do Klokot P. Jana Hulakovského, který po prvé uveřejnil r. 1868 Dějiny hory Klokotské. Děkan Vojtěch Šašek zemřel 25. dubna 1869 ve věku 76 let. Po něm administroval Frant. Svoboda do 14. listopadu 1869, kdy nastoupil jako děkan zdejší katecheta JOSEF LANDKAMMER nar. 11. května 1820. Roku 1861 podnikl větší opravu kostela, roku 1887 posvětil novou školu chlapeckou a r. 1888 nemocnici. R. 1870 zde nastoupil jako kaplan P. Kazimír Neuman, který působil na Klokotech, kde zavedl půlnoční mši sv. Zemřel v 39 létech r. 1877 Děkan Josef Landkammer zemřel 8. srpna 1896 raněn mrtvicí. Po něm vedl administraturu Karel Krenek do 19. ledna 1897, kdy nastoupil jako děkan profesor zdejšího gymnasia FRANTIŠEK KORECKÝ, nar. 6. září 1845. Fr. Korecký posvětil r.1903 novou místní elektrickou dráhu do Bechyně, první toho druhu v Čechách. Po jeho smrti 9.4.1910 byl jmenován 1.12.1910 děkanem JOSEF THIER, který pořídil r. 1911 nový Boží hrob, věčnou lampu, kropenku do sakristie od Bílka a zavedl do kostela elektrické osvětlení. Dne 1. dubna 1916 odešel na odpočinek a zemřel 26.7.1916.
Administraturou byl pověřen FRANTIŠEK FRIDRICH, který zde působil jako kaplan od 1. března 1903. Dne 1.10.1916 byl instalován jako děkan. Narodil se 6.10.1876, vysvěcen byl 21.7.1901. Před jeho nastoupením se sešla komise, která shledala, že budova děkanství jest pro obývání neschopna a bylo doporučeno postavit nové děkanství na malé děkanské zahradě. Ke stavbě však nedošlo. Za působení děkana Fridricha byly pořízeny r. 1919 nové jesle podle maleb Mik. Alše, r. 1928 nové dva zvony, r. 1931 socha Terezie Ježíšovy, opraven kostel na Klokotech, r.1933 vyměněna zbylá kostelní okna za barevná, v r.1934 započata vnější oprava děkanství, r. 1937 velká oprava děkanského chrámu, r.1941 rozšířeny nové varhany. Děkan František Fridrich zemřel v lednu 1944 a jest pochován na Klokotech v hrobě P. K. Neumana. Jeho nástupcem se stal zdejší kaplan JAROSLAV ŠEBESTA. Působil zde od svého vysvěcení až do 1.4.1958. Po něm se stal administrátorem ex currendo kanovník, kancléř Českobudějovické konsistoře MILOSLAV TRDLA. Celou agendu vedl kaplan P. Václav Žitný. Miloslav Trdla zemřel 7.1.1974 a jako děkan nastoupil VÁCLAV ŽITNÝ (nar. 12.10.1917). V r. 1974 začala generální oprava děkanského kostela. Na děkanství byla r. 1979 vyměněna krytina a provedeny vnitřní úpravy. Jako kaplan nastoupil 1.11.1983 František Hranáč. Václav Žitný odešel v dubnu 1985 ze zdravotních důvodů na odpočinek a až do své smrti 31. 12. 2007 bydlel dál v Táboře. Pochovaný je na klokotském hřbitově.
K 1.5.1985 byl jmenován administrátorem farnosti českokrumlovský kaplan VÁCLAV KRAUS. Na podzim téhož roku přišel jako kaplan sídlící na Klokotech novokněz Karel Plavec, který byl 1.12.1988 vystřídán P. Josefem Stolaříkem. Od července 1989 byl táborským kaplanem P. Daniel Herman. Toho povolal za svého sekretáře na jaře 1990 Miloslav Vlk, někdejší sekretář biskupa Hloucha, který se stal po politických změnách v listopadu 1989 biskupem v Českých Budějovicích. Na Klokoty se vrátila komunita Těšitelů (Josef Petrucha, Jiří Krejčí, Ondřej Fraštia, Damas Veřtát). Když byl biskup Vlk ve svatém týdnu 1991 jmenován pražským arcibiskupem a vzal si s sebou sekretáře D. Hermana, uvolnil pro službu v českobudějovické diecézi dosavadního sekretáře kardinála Tomáška, chýnovského rodáka VLADIMÍRA VYHLÍDKU. Ten byl jmenován táborským děkanem k 15.1.1992. Postaral se opravu farní budovy, novou elektroinstalaci a snížení stropů v místnostech prvního patra, zřízení elektrického topení v kanceláři a v zimní kapli. Varhany v děkanském kostele byly přestavěny na elektro-magnetické, bylo pořízeno 6 bloků nových lavic v hlavní lodi kostela a začalo se s generální opravou bývalého klášterního kostela Narození Panny Marie. V letech 1991 - 1997 byli postupně kaplany Zdeněk Mareš, Petr Misař, Jaroslav Karas, Michal Vaněček, Jaroslav Šmejkal, ing. Jan Mičánek a ing. Jan Kuník. K 1.11.1995 byla zřízena farnost Tábor - Klokoty a byla svěřena oblátům Panny Marie (OMI): P. Zdeněk Čížkovský působil 40 let v jižní Africe u kmene Zulu a do Čech byl poslán obnovit činnost řádu oblátů, P. Řehoř Źywczok přišel z Polska, v r. 1996 jej vystřídal další Polák, P. Marian Nowak. P. Vladimír Vyhlídka opakovaně žádal o uvolnění do důchodu ze zdravotních důvodů a poté co byl 28.9.1998 jmenován kanovníkem kapituly u Všech svatých v Praze na Vyšehradě, byl k 1.11.1998 jmenován táborským farářem VÁCLAV HES. Spolu s ním přišel z Vimperka jáhen polské národnosti Robert Paruszewski, který po několika měsících odešel do katedrály v Č. Budějovicích. Od 1.1.2000 byla zřízena nová farnost Sezimovo Ústí, do které spadá i táborské sídliště Nad Lužnicí.
V následujících 10 letech konali postupně v Táboře svou jáhenskou službu, příp. i první rok kněžské služby, Jan Doležal, Jiří Kalaš, Michal Pulec, Roman Dvořák, Jan Turek a Stanislav Brožka. Na Klokotech se v té době vystřídali obláti Martin Sedloň, Günther Ecklbauer (nyní působí v Pákistánu), Roman Musil (působí nyní na Haiti), Krzysztof Henriko, Tomáš Vyhnálek, Jiří Můčka a Karl Zaiser.
V „klášterním“ kostele Narození Panny Marie se v r. 2002 dokončily celkové opravy interiéru a nyní se postupně restauruje cenný barokní inventář kostela. V děkanském kostele Proměnění Páně byla v r. 2001 pořízena zcela nová elektroinstalace a do lavic instalováno el. topení v celkové hodnotě přes 1,6 mil Kč. V letech 2006-2009 byla provedena generální oprava krovu kostela a dána nová krytina, celkovou rekonstrukcí prošla také podlaha v celém kostele – souhrnné náklady na tuto akci byly 14,9 mil. Kč, z toho příspěvek státu (Program záchrany architektonického dědictví) činil 3,5 mil Kč, příspěvek Města Tábor rovněž 3,5 mil. Kč a z evropských tzv. Norských fondů byl ve výši 236.368 EUR (asi 6,2 mil Kč).