Výstavba chrámu započala nepochybně podle zvyklostí presbytářem orientovaným východně snad někdy v osmdesátých letech 15. století na místě původního dřevěného kostela a tento byl zaklenut někdy před rokem 1500. Jak dokládá písemný pramen, výstavba trojlodí končila v roce 1512 zaklenutím, které navrhl i prováděl mistr Staněk z Prahy. Chrám byl hned v prvních létech porušen několika požáry (1532, 1552, 1602). Největší škody utrpěl r. 1621 při obléhání císařskými vojsky pod vedením Dona Baltazara de Marradas.
Chrám je 48 m dlouhý a 26 m široký. Je v zásadě pozdně gotickou stavbou s pozdějšími barokními a renesančními vnitřními i vnějšími úpravami. Typicky gotické jsou opěrné pilíře, vnitřní sloupy vysoké 18 m, vítězný oblouk se znaky města, síťová klenba nad chrámovou lodí a vzácná hvězdicovitá a sklípková klenba v presbytáři. Ve svornících klenby i na zdech pod klenbou jsou symboly jednotlivých cechů. Barokní jsou hlavní štíty z r. 1593. Ozdobné štíty jsou renesanční. 82 m vysoká chrámová věž na severní straně kostela byla původně gotická. Za třicetileté války byla bombardováním Švédů velmi poškozena a její báň byla obnovena již v barokním tvaru r. 1677 pražským stavitelem G. de Capauli. Na věži ve dvou místnostech s chodbou, kde jsou na každou světovou stranu 3 okna, bydlel až do roku 1956 hlásný (zvoník). V současné době slouží věž jako vyhlídková a jsou na ní 3 zvony: Václav - Marie z r. 1633 o váze asi 22 q, druhý Michal, ulitý původně r. 1672, přelitý r. 1725 váží asi 8 q a umíráček František z konce 15. st. váží asi 45 kg. Vedle věže, rovněž na severní straně kostela, jsou dvě sakristie. Do tzv. staré sakristie se vstupuje z kostela a slouží jako depositář. Nová sakristie, přistavená r. 1896, má vstup z kostela i z ulice.
V kostele je celkem 10 barevných oken v gotickém ostění z let 1897, 1913 a 1933.
Původní barokní hlavní oltář z r. 1795 byl při generální opravě chrámu v l. 1896-1898 nahrazen oltářem neogotickým od pražského řezbáře a sochaře Josefa Krejčíka. Má bohatou sochařskou a řezbářskou výzdobu:
Vedle hlavního oltáře na severní straně kostela je ve zdi sanktuarium, relief od Františka Bílka a zazděná deska s textem o konsekraci kostela a původního oltáře (1. května 1693 Janem Dlouhoveským).
Barokní boční oltáře jsou částečně z klášterního kostela augustiniánů.
Kazatelna má ve vrcholu baldachýnu sousoší Proměnění Páně (Kristus, Mojžíš, Eliáš), na nárožích řečniště sochy tří apoštolů. Na zábradlí řečniště na čelní straně je reliéf Kristus v Emauzích, na zadní stěně řečniště reliéf Dobrého pastýře.
Vedle hlavního vchodu je mramorová křtitelnice s mosazným víkem. Nahradila původní křtitelnici z r. 1482, která je nyní v muzeu. Nad křtitelnicí ve zdi je kamenný reliéf křtu Páně mezi dvěma sloupy a ve štítu nástavce reliéf anděla strážného. Vedle křtitelnice nad kropenkou je pamětní deska francouzského hraběte z Joyense z r. 1775.
Varhany postavila místní varhanářská firma Skopek v r. 1895. Roku 1941 je tatáž firma rozšířila na třímanuálový pneumatický stroj se 49 rejstříky a téměř 4.000 píšťal. Starší barokní skříň varhan zdobí sochy 3 velkých a 6 malých hudoucích andělů, pozitiv je vestavěn v průčelí kůru. Varhanář Petr Fišer z Prahy je v letech 1995-1998 zrekonstruoval a trakturu předělal na elektromagnetickou, takže dnes patří mezi největší a nejlepší varhany v republice.
Křížovou cestu tvoří 14 dřevěných plastik zasazených do masivních neogotických rámů z r. 1898.
Nové lavice v 6 blocích byly dokončeny v r. 1998 za děkana mons. Vladimíra Vyhlídky.
Před kostelem stojí barokní sochy sv. Donáta a sv. Floriána. Pieta uprostřed nich sem byla přenesena z klášterní krypty.